生物學(xué)和工程學(xué)是發(fā)酵工程發(fā)展的基礎(chǔ)，而生物學(xué)和工程學(xué)相關(guān)領(lǐng)域的蓬勃發(fā)展，為現(xiàn)代發(fā)酵工程的發(fā)展進步奠定了基礎(chǔ)。未來的生物學(xué)領(lǐng)域，基于各種組學(xué)和試驗生物科學(xué)的進步，對細胞功能的認識將進一步深入，對細胞功能進行優(yōu)化的方法將不斷豐富，效果將不斷提高，同時發(fā)酵產(chǎn)品以及相關(guān)發(fā)酵工藝將大大拓展。
　　未來工程學(xué)領(lǐng)域的研究，基于對細胞群體效應(yīng)的解析，將向著過程的系統(tǒng)與集成優(yōu)化方向發(fā)展，通過優(yōu)化模塊單元與系統(tǒng)組裝來優(yōu)化發(fā)酵過程，最終提高目標產(chǎn)品的產(chǎn)量。未來，系統(tǒng)生物學(xué)和合成生物學(xué)技術(shù)，發(fā)酵過程的細胞群體效應(yīng)解析技術(shù)、發(fā)酵過程的復(fù)雜多相體系放大技術(shù)、基于多產(chǎn)物聯(lián)產(chǎn)目標的全局調(diào)控技術(shù)、發(fā)酵過程集成和系統(tǒng)優(yōu)化技術(shù)等將成為未來發(fā)酵工程發(fā)展的主要技術(shù)平臺。
    產(chǎn)業(yè)方面，未來10-20年的時間，中國將逐步從發(fā)酵工業(yè)大國轉(zhuǎn)變?yōu)榘l(fā)酵工業(yè)強國。發(fā)酵工業(yè)產(chǎn)品將更加集中于國內(nèi)已形成較大規(guī)模，對國民經(jīng)濟產(chǎn)生重大影響的產(chǎn)品，已形成出口能力，能參與國際競爭的產(chǎn)品，受知識產(chǎn)權(quán)限制，長期依賴進口，急需技術(shù)突破的產(chǎn)品。技術(shù)發(fā)展方向?qū)⒓杏谠贤卣?、菌株改造、工藝?yōu)化、綜合利用。中國發(fā)酵工業(yè)的發(fā)展目標是提升發(fā)酵工業(yè)整體技術(shù)水平，提高產(chǎn)品經(jīng)濟技術(shù)指標，增強國際競爭力，創(chuàng)造重大的社會和經(jīng)濟效益。