今天的發(fā)酵工程不僅是生產(chǎn)酒類飲料、調(diào)味品和面包，而且在醫(yī)藥工業(yè)方面生產(chǎn)抗生素、胰島素、干擾素、生長(zhǎng)激素和疫苗等多種醫(yī)療保健藥品；在農(nóng)業(yè)方面生產(chǎn)微生物殺蟲(chóng)劑、肥料和除草劑等農(nóng)用生產(chǎn)資料；在化工方面生產(chǎn)氨基酸、香料、酶、維生素和單細(xì)胞蛋白，并進(jìn)入了環(huán)保、冶金和石油行業(yè)。
    從廣義上講，發(fā)酵工程由三部分組成，即上游工程、中游工程和下游工程。上游工程是指生產(chǎn)菌株的選育，******發(fā)酵條件(pH、溫度、溶解氧、培養(yǎng)基等)的確定，營(yíng)養(yǎng)物的選擇和制備等。中游工程主要指對(duì)各類生物反應(yīng)器的研制，在生物反應(yīng)器中大量培養(yǎng)生物體和生產(chǎn)代謝物的工藝技術(shù)，包括對(duì)反應(yīng)器和發(fā)酵原料以及各種連接管道進(jìn)行滅菌的技術(shù)；在發(fā)酵過(guò)程中大量施用的干燥無(wú)菌空氣的制備技術(shù)；在發(fā)酵管理方面涉及的計(jì)算機(jī)控制技術(shù)；還有各級(jí)種子培養(yǎng)和生產(chǎn)放大的不同工藝技術(shù)等。
    下游工程是指從發(fā)酵物料中分離提取產(chǎn)品的技術(shù)：如固液分離技術(shù)(包括蒸餾、離心、過(guò)濾、沉淀分離等技術(shù))，細(xì)胞破壁技術(shù)(采用超聲、高壓、滲透壓、表面活性劑和溶菌酶等)，蛋白質(zhì)純化技術(shù)(沉淀、色譜分離和超濾法等)，最后還有產(chǎn)品的檢測(cè)和包裝處理等技術(shù)。